종자기능사는 작물 및 원예시험장 연구소, 작물재배농장에서 새로운 품종의 육성을 위해 품종 간 또는 개체 간 교잡, 교배 등의 시험연구를 수행하는 업무를 보조하고 토양, 기온, 습도 등의 적합한 재배조건을 조사하며 개량된 우수한 종자와 묘목을 생산, 번식, 육종, 저장시키기 위하여 재배관리 및 생산관리, 농약 살포, 비료 사용 등의 직무를 수행한다. 시험의 응시자격에는 연령, 학력, 경력 등에 제한이 없으며 농업계 고등학교의 농업, 원예 등의 관련 학과를 졸업하면 자격증 준비에 유리하다.
시험은 1차 필기, 2차 실기로 실시가 된다. 필기는 3과목으로 '종자, 작물육종, 작물'에서 60문제가 출제된다. 객관식 4지택일형이며 CBT로 시행된다. 실기는 종자생산 작업에 대한 필답형으로 실시가 된다. 기존에는 작업형으로 시행이 되었으나 2021년부터 변경되었다.
종자와 관련된 자격증으로는 종자기능사 외에 종자산업기사, 종자기사, 종자기술사가 있다. 산업기사 이상부터는 응시자격에 제한이 있어 관련 분야의 경력이나 기술자격증이 있는 자 혹은 관련 전공을 한 자에 한해서 응시가 가능하다. 종자기능사는 농업 분야에 관한 국가기술자격 제도이며 농업에 관한 기능사 시험으로는 원예기능사, 유기농업기능사, 종자기능사, 화훼장식기능사가 있다.