원예기능사 제도는 과학적이고 경제성 있는 채소, 화훼, 과수, 시설원예작물 재배를 위한 제반 지식과 기능을 갖춘 기능 인력을 양성하고자 제정하였으며 원예재배에 관한 숙련 기능을 가지고 경영계획을 세우고, 종묘를 재배하거나 구입하여 정식하고, 생육에 필요한 시설을 설치관리하며, 물주기, 거름주기 병해충 방제, 정지, 전정, 제초 등 재배관리와 필요한 특수 재배관리를 통하여 목적하는 원예 관련 생산, 수확하여 출하하는 등의 직무를 수행한다.
원예기능사는 농업 분야에 관한 국가기술자격 제도로서, 농업 분야에서는 기능사 자격으로는 원예기능사, 유기농업기능사, 종자기능사, 화훼장식기능사가 있다.
원예기능사의 상위 자격증으로는 시설원예기사와 시설원예기술사가 있으며, 기능사 자격증을 취득한 후 동일직무분야에서 3년 이상 실무에 종사하면 기사 응시가 가능하고 7년 이상 실무에 종사하면 기술사 시험에 응시할 수 있다.