의료관리자 자격제도는 선박운항 중 선원의 건강관리, 보건지도, 선내위생 및 식품관리를 전문인력이 담당하도록 함으로써, 운항 중에 발생할 수 있는 각종 의료사고를 미연에 예방하고 사고 발생시 적절히 대처하여 선원의 건강을 유지할 수 있도록 하기 위해 도입했다.
의료관리자 자격증 취득은 크게 3가지 방법으로 가능하다. 첫번째는 '시험'으로 인한 취득, 두번째는 '교육'으로 인한 취득, 세번째는 '관련 자격증 소지'로 시험을 통해 취득하는 경우, 1차 필기와 2차 실기에 응시해야 한다. 필기 시험은 '객관식 4지 선다형'으로 시험과목은 '의료관계법령, 기초응급처치학, 기초간호학 및 공중보건학'에서 과목당 25문제가 출제된다. 100점 만점을 기준으로 과목당 40점 이상이 되고, 전체 평균 점수는 60점 이상이 되어야 합격하게 된다. 2차 실기 시험은 '구급처치법, 간호법' 과목으로 대한적십자사에서 실시하는 응급처지 일반과정으로 대체된다. 만약, 필기 시험에 합격을 하고 대한적십자사가 시행하는 실기교육 과정 중에서 해양수산부장관이 지정하는 교육과정을 이수했다면, 실기 시험은 면제받게 된다.
의료관리자 자격증을 교육을 통해 취득하려면, 연수원에서 시행하는 교육과정 중 '의료관리자 자격취득교육'을 이수해야 한다. 교육기간은 총 5일간이며, 교육 중 시행되는 평가시험에서 60% 이상을 취득해야 한다. 의료관리자 취득이 가능한 관련 분야 자격으로는 1. 의료인(의사,치과의사,한의사)면허 소지자, 2. 약사 면허 소지자, 3. 위생사 면허 소지자, 4. 응급구조사 자격증 소지자가 해당한다.