《문제아들이 이세계에서 온다는 모양인데요?》의 새로운 이야기 『라스트 엠브리오』 제2권. 언더우드를 지키기 위해 정령열차 ‘선 사우 전드’호에 올라탄 호무라 일행. 하지만 질주하는 열차 앞에 새로운 습격자가 나타난다. 곧바로 스즈카를 중심으로 한 발리스타 작전으로 대항하지만, ‘하늘의 황소’의 맹공도 시작되어서 위기에 빠진다. 격렬한 벼락과 거대한 물줄기가 덮쳐오는 가운데 아야토가 내린 결단은? 한편, 그 무렵 바깥 세계에서 조사를 진행 하던 이자요이 일행의 앞에는 정체 모를 적이 출현한다. 그들은 최강의 왕들인 ‘아바타라 ’라고 칭하는데….