하늘과 바다에 둘러싸인 마을에서 벌어지는 우리의 러브 스토리 시리즈 제3탄 『청춘 돼지는 로지컬 마녀의 꿈을 꾸지 않는다』. 여름방학 직전, 사쿠타의 앞에 첫사랑인 마키노하라 쇼코와 똑같은 이름, 똑같은 얼굴을 지닌 여중생이 나타났다. 하지만 원래 쇼코는 대학생이어야 한다. 혼란에 빠진 사쿠타의 주위에서 불가사의 현상 사춘기 증후군이 또 발생한다. 어찌된 영문인지 둘로 늘어나버린 과학부 소속 쿨한 소녀, 리오. 사쿠타가 둘 중 한 리오를 자기 집에 숨겨주면서 미니 동거생활이 시작된다. 게다가 마이 선배까지 사쿠타의 집에 지내기로 하는 바람에 그의 여름방학은 엄청난 혼란에 빠지는데….