장바구니 담기 close

장바구니에 상품을 담았습니다.

장바구니로 계속쇼핑하기
바이오파이썬으로 만나는 생물정보학
미리보기

바이오파이썬으로 만나는 생물정보학

  • 한주현
  • |
  • 비제이퍼블릭
  • |
  • 2019-03-22 출간
  • |
  • 312페이지
  • |
  • 173 X 230 mm
  • |
  • ISBN 9791186697818
판매가

26,000원

즉시할인가

23,400 원

배송비

무료배송

(제주/도서산간 배송 추가비용:3,000원)

추가상품
상품선택
독서대 7,900원 독서대 선택안함 0원
수량
+ -
총주문금액
23,400원
장바구니 구매하기

※ 스프링제본 상품은 반품/교환/환불이 불가능하므로 신중하게 선택하여 주시기 바랍니다.

북스크린영상으로 만나보는 한 권의 책 이야기

출판사서평




이 책의 특징
ㆍ 실제 생물정보학 예제를 활용한 바이오파이썬 모듈의 학습
ㆍ 실전과 같은 예제와 연습 문항으로 즉시 현업에 활용 가능
ㆍ 100개의 파이썬 문항으로 기초 생물정보학 프로그래밍 연습

이 책이 필요한 독자
ㆍ 바이오파이썬으로 생물정보학을 배우고 싶은 의생명연구자
ㆍ 파이썬으로 생물정보학 데이터를 다루고 싶은 개발자
ㆍ 실제 코딩 문제를 해결하며 생물정보학 파이썬 프로그래밍 실력을 올리고 싶은 학습자

최근 4차 산업혁명과 맞물려 컴퓨터 프로그래밍에 대한 관심이 매우 크다. 이러한 관심에 힘입어 컴퓨터공학 전공자들은 물론 컴퓨터가 아닌 타 분야 연구자 및 대학생 심지어 중고등학생들도 프로그래밍에 관심을 갖고 학습하고 있다. 생물정보학 분야에서도 파이썬은 확고한 입지를 확보하였는데 이는 다른 프로그래밍 언어들보다 인기가 높고 사용자가 많은 언어이다 보니 기존 라이브러리들을 활용하여 자신의 연구에 쉽고 빠르게 적용할 수 있기 때문이다.

본서는 파이썬과 바이오파이썬을 활용하여 생물정보학적 문제를 해결하고 생물정보학 파이썬 프로그래밍 실력을 높이고 싶은 독자를 대상으로 한다. 본서로 학습하기 위해서는 생물학과 컴퓨터 프로그래밍의 기초 지식이 필요하다. 기준이 높지는 않으니 걱정하지는 말자. 컴퓨터 프로그래밍에 대한 기초 지식은 파이썬 스크립트를 작성하고 실행하는 방법을 아는 정도면 된다. 생물학 지식이 필요한 경우도 고등학교 수준 정도이면 충분하며 각 장의 초반에서 설명할 것이다. 본서가 독자 여러분의 목적에 도움이 될 수 있기를 희망한다.


목차


섹션 1. 바이오파이썬

1장 바이오파이썬 소개
1.1 바이오파이썬이란
1.2 바이오파이썬으로 할 수 있는 일들
1.3 정리
1.4 연습문제

2장 바이오파이썬 설치
2.1 아나콘다파이썬 설치
2.2 바이오파이썬 설치 여부 확인
2.3 바이오파이썬 설치(윈도우)
2.4 바이오파이썬 설치(맥/리눅스)
2.5 바이오파이썬 버전 업그레이드
2.6 바이오파이썬 삭제
2.7 Jupyter Notebook
2.8 연습문제

3장 생물정보학 파일 포맷 소개
3.1 FASTA/FASTQ
3.2 SAM/BAM
3.3 BED
3.4 VCF
3.5 GenBank
3.6 XML
3.7 JSON
3.8 정리
3.9 연습문제

4장 유전자 서열 다루어보기 : Sequence 객체
4.1 TATA Box란
4.2 객체란
4.3 Sequence 객체 소개
4.4 Sequence 객체 다루기
4.5 Bio.SeqUtils 모듈 활용
4.6 정리
4.7 연습문제

5장 Sequence record 객체
5.1 SeqRecord 객체
5.2 SeqRecord 객체의 속성
5.3 SeqRecord 객체 만들기
5.4 SeqRecord 객체 간 비교하기
5.5 정리
5.6 연습문제

6장 FASTA, FASTQ, GenBank 파일 : Sequence 읽기
6.1 SeqIO 모듈로 Sequence 파일을 읽는 두 가지 방법 - FASTA 파일 읽기
6.2 SeqIO.parse() 메서드로 FASTQ 파일 읽기
6.3 GenBank 파일 읽기
6.4 인터넷을 통한 파일 읽기 : CCR5 유전자와 HIV 저항성
6.5 정리
6.6 연습문제

7장 인간과 다른 동물은 얼마나 다를까? 종 간 차이점의 비밀: Multiple Sequence Alignment
7.1 Multiple Sequence Alignment 준비 과정
7.2 Multiple Sequence Alignment 파일 읽기
7.3 Alignment 다루기
7.4 Alignment 툴 MUSCLE
7.5 WebLogo로 보존 서열 알아보기
7.6 계통수 그려보기
7.7 정리
7.8 연습문제

8장 원인 불명의 환자에서 나온 미지의 종 찾기 : BLAST
8.1 미지의 종 발견
8.2 웹브라우저에서 NCBI BLAST 실행
8.3 바이오파이썬으로 BLAST 실행
8.4 정리
8.5 연습문제

9장 NCBI 데이터베이스
9.1 Entrez
9.2 EFetch: 소아마비를 일으키는 poliovirus 데이터 읽기
9.3 EInfo: Entrez의 데이터베이스 목록
9.4 ESearch : Entrez 데이터베이스를 검색
9.5 정리
9.6 연습문제

10장 단백질의 세계로 : Swiss-Prot과 ExPASy
10.1 Swiss-Prot
10.2 ExPASy
10.3 정리
10.4 연습문제

11장 계통분류학 분석 : Bio.Phylo
11.1 계통분류학
11.2 Newick 포맷 설명
11.3 바이오파이썬 Phylo 모듈
11.4 Phylo 모듈로 계통수 그리기
11.5 정리
11.6 연습문제

12장 시스템생물학 지도 : KEGG
12.1 KEGG란
12.2 해당 과정
12.3 KEGG 객체 파싱
12.4 KEGG API 사용법
12.5 정리
12.6 연습문제

13장 바이오파이썬 활용 연습문제



섹션 2. 생물정보학 파이썬 프로그래밍

1. 프로그래밍 시작
문항 1) Hello, Bioinformatics
문항 2) 변수 사용
문항 3) 연산자 소개
문항 4) if - else 조건문
문항 5) if - elif - else 조건문
문항 6) for문
문항 7) 중첩이 있는 for문
문항 8) while문
문항 9) 함수
문항 10) 함수 - 함수에 값 전달
문항 11) 함수 - 함수에서 값의 반환
문항 12) 함수 - 함수에 값 전달과 반환값 받기
문항 13) 하드코딩 피하기, 사용자로부터 값 받기
문항 14) 사용자로부터 값 받기 활용
문항 15) 커맨드라인에서 인수 입력받기
문항 16) 파일 읽기
문항 17) 파일 쓰기
문항 18) 주석 달기
문항 19) 예외 처리하기 - 디버깅
문항 20) 예외 처리하기 - 여러 오류들 처리하기

2. 자료형 다루기
2.1 문자열
문항 21) 문자열 더하기
문항 22) 문자열 반복하여 더하기
문항 23) 문자열에서 n번째 문자 출력하기
문항 24) 문자열 슬라이싱
문항 25) 문자열 길이 구하기
문항 26) 문자열 대소문자 변환하기
문항 27) 문자열 n씩 건너뛰며 출력하기
문항 28) 문자열을 n개씩 나누어 출력하기
문항 29) 문자열 순서를 거꾸로 뒤집어 출력하기
문항 30) 문자열 바꾸기
문항 31) 역상보 서열(reverse complement sequence) 만들기
문항 32) 문자열에서 특정 문자가 있는지 확인하기
문항 33) 문자열에서 특정 문자의 index 번호 출력하기
문항 34) 문자열에서 특정 문자 개수 세기
문항 35) 문자열에서 특정 문자를 다른 문자로 교체하기
문항 36) 문자열에서 단어 개수 세기

2.2 숫자
문항 37) 주어진 수의 제곱근 구하기
문항 38) 주어진 수의 절댓값 구하기
문항 39) 주어진 수의 로그값 구하기
문항 40) 주어진 수의 자연로그값 구하기
문항 41) 밑이 다른 로그값 구하기
문항 42) 주어진 수의 반올림값 구하기 - 실수
문항 43) 주어진 수의 반올림값 구하기 - 정수
문항 44) 난수 만들기
문항 45) 로또 번호 생성기
문항 46) 문자열에서 숫자만 골라내기

2.3 리스트
문항 47) 리스트 길이 구하기
문항 48) 리스트의 n번째 출력하기
문항 49) 리스트 슬라이싱하기
문항 50) 리스트를 건너뛰며 슬라이싱하기
문항 51) 리스트를 거꾸로 뒤집기
문항 52) 리스트 오름차순 정렬하기
문항 53) 리스트 내림차순 정렬하기
문항 54) 리스트에 요소 추가하기
문항 55) 리스트의 특정 위치에 요소 추가하기
문항 56) 리스트 요소 제거하기
문항 57) 리스트의 특정 요소 개수 세기
문항 58) 리스트 내부의 최댓값 구하기
문항 59) 리스트 내부의 최솟값 구하기
문항 60) 리스트 내부의 모든 요소 합 구하기
문항 61) 리스트 내부의 모든 요소 평균 구하기
문항 62) 문자열의 특정 구분자를 기준으로 리스트 만들기
문항 63) 리스트를 특정 구분자 기준으로 문자열 만들기
문항 64) 리스트 섞기

2.4 사전
문항 65) 파이썬 사전 형태 알아보기
문항 66) 사전 만들기
문항 67) 사전에서 요소 제거하기
문항 68) 사전에 키값이 있는지 확인하기
문항 69) 사전을 이용하여 아미노산 서열의 종류 개수 세기
문항 70) 사전 키 출력하기
문항 71) 사전 값 출력하기
문항 72) 사전 키-값 모두 출력하기
문항 73) 사전 값을 기준으로 정렬하기

2.5 세트
문항 74) 세트 만들기
문항 75) 세트 합집합 구하기
문항 76) 세트 교집합 구하기
문항 77) 세트 여집합 구하기

2.6 튜플
문항 78) 튜플 만들기
문항 79) 튜플의 특성

3. 클래스
문항 80) 객체 만드기
문항 81) 객체의 속성
문항 82) 객체의 메서드
문항 83) 객체의 생성자 (__init__)
문항 84) 객체의 소멸자 (__del__)
문항 85) 객체의 덧셈 (__add__)
문항 86) 객체의 비교 (__gt__)

4. 알고리즘 소개
문항 87) 재귀 알고리즘 구현하기
문항 88) 동적계획법 구현하기
문항 89) 알고리즘 활용 - kmer 만들기
문항 90) 알고리즘 활용 - Palindrome 찾기

5. 생물정보학 파일 다루기
5.1 FASTA
문항 91) FASTA 파일에서 염기 개수 세기
문항 92) FASTA 파일에서 레코드 개수 세기

5.2 VCF
문항 93) VCF 파일 소개 - VCF 파일에서 header와 data 분리하기
문항 94) VCF 파일에서 샘플 개수 세기
문항 95) VCF 파일에서 Filter열 PASS만 골라내기
문항 96) VCF 파일에서 변이 개수 세기
문항 97) VCF 파일에서 SNP, InDel 개수 세기
문항 98) VCF파일에서 dbSNP에 발견된 변이 개수 구하기
문항 99) VCF파일에서 Ts/Tv 비율 구하기

5.3 BED
문항 100) BED 파일이 담고 있는 전체 영역 구하기
추천포스트

교환 및 환불안내

도서교환 및 환불
  • ㆍ배송기간은 평일 기준 1~3일 정도 소요됩니다.(스프링 분철은 1일 정도 시간이 더 소요됩니다.)
  • ㆍ상품불량 및 오배송등의 이유로 반품하실 경우, 반품배송비는 무료입니다.
  • ㆍ고객님의 변심에 의한 반품,환불,교환시 택배비는 본인 부담입니다.
  • ㆍ상담원과의 상담없이 교환 및 반품으로 반송된 물품은 책임지지 않습니다.
  • ㆍ이미 발송된 상품의 취소 및 반품, 교환요청시 배송비가 발생할 수 있습니다.
  • ㆍ반품신청시 반송된 상품의 수령후 환불처리됩니다.(카드사 사정에 따라 카드취소는 시일이 3~5일이 소요될 수 있습니다.)
  • ㆍ주문하신 상품의 반품,교환은 상품수령일로 부터 7일이내에 신청하실 수 있습니다.
  • ㆍ상품이 훼손된 경우 반품 및 교환,환불이 불가능합니다.
  • ㆍ반품/교환시 고객님 귀책사유로 인해 수거가 지연될 경우에는 반품이 제한될 수 있습니다.
  • ㆍ스프링제본 상품은 교환 및 환불이 불가능 합니다.
  • ㆍ군부대(사서함) 및 해외배송은 불가능합니다.
  • ㆍ오후 3시 이후 상담원과 통화되지 않은 취소건에 대해서는 고객 반품비용이 발생할 수 있습니다.
반품안내
  • 마이페이지 > 나의상담 > 1 : 1 문의하기 게시판 또는 고객센터 1800-7327
교환/반품주소
  • 경기도 파주시 문발로 211 1층 / (주)북채널 / 전화 : 1800-7327
  • 택배안내 : CJ대한통운(1588-1255)
  • 고객님 변심으로 인한 교환 또는 반품시 왕복 배송비 5,000원을 부담하셔야 하며, 제품 불량 또는 오 배송시에는 전액을 당사에서부담 합니다.