도쿄에는 "구울"이라는 오직 사람의 고기를 먹어야만 살 수 있는 생명체들이 존재한다. 그들은 인간과 똑같은 모습을 하고 있으며, 인간을 먹을 때나 자신들의 무기인 카구네를 꺼낼 때 두 눈이 혁안으로 변하는 존재들이다. 어느 날, 독서를 좋아하는 평범한 대학생 카네키 켄은 안테이크라는 카페에서 카미시로 리제라는 소녀를 만난다. 나이나 혈액형, 독서를 좋아하는 것도 같았던 두 사람은 급속도로 친해지지만… 그녀는 인간 속에 숨어있었던 구울! 결국 인적이 드문 곳에서 리제에게 습격당해 빈사 상태에 빠진 카네키. 리제의 장기 일부를 이식해서 반구울이 됨으로 목숨을 건진다. 이후, 겉으로는 드러나지 않은 구울들의 사회가 도쿄 내부에 존재하고 있다는 것을 안 카네키는 자신의 정체성에 괴로워하면서도 소중한 사람들을 지키기 위해서 구울들과 싸워나갈 것을 결심하는데…